Este juego se puede jugar con el modo Nunchuk™, también lo puedes jugar sosteniendo el Wii Remote™ de manera horizontal, o utilizando el Classic Controller™.

Notas: Este manual muestra los controles que se utilizan cuando estas usando el modo Nunchuk.
Los controles que se utilizan para la pantalla del menú se indican con .
Puedes jugar ThruSpace con el Classic Controller Pro™, utilizando los mismos controles que utilizarías con el Classic Controller.